en Franche Comté on peut trouver quelques fromages bénéficiant d'AOC.
le Comté : fromage français AOC depuis 1958 principalement produit en Franche-Comté. C'est un fromage de lait cru de vache, à pâte pressée cuite. Il se présente en meules de 55 à 75 cm de diamètre et d'une masse de 32 à 45 kg. Il faut environ 450 l de lait pour produire une meule de comté. Le comté doit être fabriqué - comme l'imposent les règles - à partir de lait cru et naturel, sans pasteurisation ni forte réfrigération; de ce fait, il exige une production locale, traditionnelle, à proximité des zones de récolte du lait.
le Mont d'Or : Les plus vieux écrits que l'on connaisse attestent qu'il était déjà fabriqué au temps de Louis XV. Le Mont d'Or ou vacherin du Haut-Doubs était appelé "fromage de boete". Ce sont les fermiers du massif du Mont d'Or qui l'inventèrent. Il est demeuré un fromage artisanal dont le lait provient uniquement de vaches montbéliardes. Le caillé obtenu à l'aide de présure est cerclé après démoulage dans une sangle d'écorce d'épicéa. Affiné en cave sur une planche d'épicéa, ce fromage achève en boite son affinage qui dure au moins trois semaines. L'alliance du bois et du fromage confère au Mont d'Or toute sa saveur. On le trouve en automne et en hiver puisque sa fabrication n'est autorisée que du 15 août au 31 mars.
le Morbier : A la ligne cendrée, c'est en 1875 qu'est né à Morbier, petit village du Haut-Jura situé à quelques kilomètres de Morez, un fromage appelé petit Morbier. Depuis cette époque, les fruitières et coopératives fromagères l'ont fabriqué en complément du Comté. À la coupe, ce fromage élaboré à partir de lait cru de vache a une originalité, il présente une couche horizontale de couleur noire située en son milieu. Cette couche est composée de noir végétal.En 2001, la qualité du morbier a été reconnue par une Appellation d'Origine Contrôlée.
le bleu de gex: Bénéficiant d'une AOC et produit à partir du lait récolté dans les pâturages de pré-bois du Haut-Jura, le Bleu est encore fabriqué de manière artisanale. Réalisé dans de petites fruitières, il est obtenu après coagulation à la température de traite par le découpage du lait caillé et il est ensuite égoutté en présence de sel dans des "cuveaux" en bois. Le Bleu se distingue des autres bleus par son goût nettement moins corsé et sa saveur plus parfumée et légèrement amère.