Le fort de Joux est situé dans le Doubs, il surplombe la cluse de Pontarlier ouvrant passage vers la Suisse dans le massif du Jura. Il fait partie de la commune de La Cluse-et-Mijoux, Doubs. Il fait l’objet d’un classement au titre des monuments historiques depuis le 18 juillet 1996
Dès l'antiquité, il existait un péage dans la cluse et un guet en bois sur le plateau de la Rochette. Dans la guerre des Gaules, César parle d'une montagne haute défendue par cinquante hommes qui permettait d'entrer dans le pays des séquanes qui pourrait bien-être le guet nommé Iors par les séquanes. C'est par là que s'exilèrent les helvètes en -58 avant d'être rejoints par César sur la Saône. C'est en 1039, à la mort de Conrad II le Salique et à la relève par Henri III du Saint-Empire que le château est désigné pour la première fois dans la Vita Mathildis sous le nom de Miroaltum; en effet, en 1227, Henri de Joux parle du "château de Joux également nommé Miroaz" et l'on retrouve des noms semblables dans les chartes des sires de Joux (Miroual, Miroal, Miroaz, Mirua). Il fut ensuite toujours appelé indifféremment "fort de Joux" ou "chasteau puis château de Joux".
Les sires de Joux, qui descendent probablement de princes burgondes, étaient très riches grâce à leur péage qui se trouvait sur une des deux seules routes carrossables entre le comté de Bourgogne et la Suisse puis la Lombardie; c'était la route du sel mais également la Via Francigena. Les personnes qui dépendaient de l'abbaye de Montbenoit, de Pontarlier et des fiefs de Joux étaient exemptés de péage. Les sires de Joux possédaient en outre une poêle à Salins-les-Bains et à cette époque le sel était très précieux. Ils possédaient des mines de fer et d'argent, des fours à chaux et leurs serfs produisaient une viande fumée réputée depuis l'antiquité. En outre, ils mettaient à ban la rivière du Doubs et possédaient des bois de sapin et d'épicéa (nommé picée à l'époque) pour les charpentes. De plus, les pois blancs cultivés sur la plaine de l'Arlier étaient très réputés et s'exportaient également bien vers la foire de Beaucaire, vers la Lombardie ou dans le reste du Saint Empire.
En 1410 Guillaume de Vienne achète le château et la seigneurie de Joux à Jeanne, fille d'Hugues de Joux, qui n'avait pas d'enfant. Il meure en 1434 laissant Philippe de la Marche, en qualité de châtelain de Guillaume de Vienne, venir habiter le château accompagné de son fils Olivier. Celui-ci, encore très jeune à cette date sera confié à Pierre de Saint-Mauris et scolarisé à l'école de Pontarlier qu'il quitte à l'âge de 14 ans pour entrer comme page au service des ducs de Bourgogne. Par mariage le fief devient propriété de la maison de Hochberg, souverain de Neuchâtel, ceux-ci ne revendiquant pas la possession des terres de Joux elle devient pendant plus de 150 ans l'objet de tiraillements entre les Bourguignons, les Français et les suisses. En 1454, Guillaume II de Vienne vend le château à Philippe III de Bourgogne, il place le marquis de Rothelin comme capitaine du château, son souhait étant de faire du château un poste frontière bien gardé. En 1475, le château résiste aux bernois partis piller Pontarlier. En 1477, Katherin Bouchet défend contre le capitaine du château, Louis d'Arban, les retraites de Charles le Téméraire aux batailles de Morat et de Grandson. C'est pourquoi, après la mort de son père, Marie de Bourgogne le nommera châtelain à vie du château de Joux. Par son mariage, le château se retrouve sous l'autorité de Maximilien d'Autriche. En 1481, Philippe de Hochberg place Antoine de Sarron dans le château, investissant ainsi la place. S'ensuit une série de procès entre les ducs de Hochberg et les comtes de Neuchâtel. En 1492 le tribunal de Dole décida que le château de Joux appartenait à Marguerite d'Autriche; nulle objection n'y fut faite, elle y plaça le marquis de Rothelin
Avec la Guerre de Dix Ans débutée en 1634 le château de Joux, après la ville de Pontarlier, tombe en 1639 entre les mains des Français conduit par Bernard de Saxe-Weimar, après 15 jours de tranchées ouvertes dont on voit les stigmates sur le Géran.
En 1668, pour récupérer la dot de son épouse, Louis XIV prend en personne la Franche-Comté avec ses chevau-légers et ses gardes suisses qui ne servent normalement qu'à sa protection rapprochée et à celle de sa famille. Il envoie le général de Noisy pour prendre Joux. Le baron Ferdinand de Saint-Mauris qui commande la garnison, composée de 60 soldats plus 20 cavaliers et 200 hommes de milices, est sous l'autorité du gouverneur de la province qui n'est autre que le marquis d'Yenne. Celui-ci avait quelque temps plus tôt pris parti pour la France au mépris de son devoir de défendre les places Francs-Comtoises. C'est pourquoi il capitule très vite devant de Noisy venu avec moitié moins d'hommes. Cependant, Louis XIV est contraint de rendre la Franche-Comté à l'Espagne selon le traité d'Aix la Chapelle. Le baron de Saint-Mauris reste gouverneur de la place.
En 1678 le traité de Nimègue confirme le retour définitif de la Franche-Comté à la France et le démembrement de la seigneurie de Joux3. Le château de Joux fortifié par Vauban fera partie des trois forts franc-comtois épargnés par Louis XIV qui fit raser tous les autres châteaux. Le fort eut alors une garnison composée de beaucoup d'invalides de guerre, avec un gouverneur, qui était également gouverneur de Pontarlier, un lieutenant du roi et un major.
De la fin du règne de Louis XV jusqu'à la chute de Napoléon 1er, en 1815, le fort servit de prison d'état. Les cellules étaient froides et humides et les prisonniers devaient chauffer toute l'année à leurs frais. Malgré sa réputation de sureté, plusieurs prisonniers réussirent à s'évader du fort. Certains de ces détenus furent célèbres.
Mirabeau fut enfermé en mai 1775 dans la tour qui porte aujourd'hui son nom. Mais très vite, il obtint du gouverneur de la place, le marquis de St Mauris, de pouvoir se rendre à Pontarlier où il loua un appartement et où il connut Sophie de Ruffey avec laquelle il s'échappa en Hollande et à laquelle il écrivit les fameuses lettres à Sophie.
Il accueille en 1802 Toussaint Louverture (1743/1803) , emprisonné sur ordre de Napoléon Bonaparte pour s’être opposé au rétablissement de l’esclavage des Noirs.
L'ancien esclave devenu gouverneur de l’île de Saint-Domingue (actuelle Haïti) meurt quelques mois après son arrivée.
Aujourd’hui la cellule de Toussaint Louverture, située au rez-de-chaussée du donjon, accueille de nombreux visiteurs venus rendre hommage à celui qui fut avant Martin Luther King et Nelson Mandela, le symbole de l’émancipation des peuples
Le Château de Joux est un exemple d'architecture militaire développée de façon continue du Moyen Âge au xixe siècle. Schématiquement, la partie la plus ancienne est le donjon médiéval et le mur Ouest de la troisième enceinte (qui donne du côté du Doubs). Viennent ensuite la première enceinte, la tour du fer à cheval, le magasin à poudre et l'entrée de la troisième enceinte avec son pont levis. Le glacis, le chemin couvert et la troisième et quatrième enceintes ont été reprises par Vauban avec un tracé bastionné. La partie Ouest de la cour du donjon ("escalier" gris donnant sur la Rochette), la seconde enceinte avec son échaugette et son escalier miné à trappe amovible datent du xixe siècle. la cinquième enceinte et le plateau de la Rochette ont été totalement reprises par Joffre entre 1879 et 1881.
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